Construire un Arbre Phylogénétique à la Main Facilement (SVT)

Dans cette vidéo je vous montre une méthode simple mais puissante pour reconstruire une phylogénie : l'algorithme d'addition pas à pas avec l'insertion du plus proche (ou Stepwise addition with closest/nearest insertion). Avec seulement une feuille à carreaux et un crayon, vous apprendrez à reconstruire un arbre évolutif en minimisant le nombre de transformations, selon le principe de parcimonie.

Que vous soyez élève, étudiant, enseignant ou passionné d'évolution, vous repartirez avec une méthode éprouvée, claire et intuitive pour comprendre comment les biologistes reconstruisent l'histoire des espèces.

Lien vers ma vidéo où j'explique les erreurs à ne pas commettre au sujet des groupes emboités et dans laquelle j'explique aussi la méthode de compatibilité des caractères pour reconstruire une phylogénie : https://youtu.be/UK7yCkmBL1w

Sommaire de la vidéo :

00:00 - Introduction

01:05 - Une heuristique gloutonne

03:20 - Le calcul des distances

05:45 - L'initialisation de l’arbre

06:11 - L'insertion d’une espèce

08:21 - La répétition des insertions

10:09 - L'enracinement de l'arbre

11:01 - Conclusion

Sources :

https://www.mathematics.pitt.edu/sites/default/files/TSP.pdf

Goloboff, P. A. (2014). Hide and vanish: data sets where the most parsimonious tree is known but hard to find, and their implications for tree search methods. Molecular Phylogenetics and Evolution, 79, 118-131.

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